Líneas de Investigación

- Ecología evolutiva del desarrollo 
- Agroecología 
- Modelado matemático de sistemas biológicos

Formación Académica

Estancia posdoctoral. Laboratorio de Fisiología Molecular de las Plantas. CEITEC - Universidad Masaryk, Brno, República Checa (julio 2011- agosto 2012). 

Estancia posdoctoral. Centro de Ciencias de la Complejidad, C3. Universidad Nacional Autónoma de México (mayo 2010-abril 2011). 

Doctorado en Ciencias Biomédicas. Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México (2005-2010). Obtención del grado con la tesis “Redes de regulación genética y patrones morfogenéticos en plantas”, bajo la dirección de la Dra. Elena Álvarez-Buylla Roces. 

Maestría en Dinámica no Lineal y Sistemas Complejos. Universidad Autónoma de la Ciudad de México (2004-2006). Obtención del grado con la tesis “Redes de regulación genética y determinación de tipo celular en Arabidospsis thaliana”, dirigida por la Dra. Elena Álvarez-Buylla Roces. 

Licenciatura en Biología. Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México (2000-2004). Semestre de intercambio en Bishop's University, Quebec, Canadá (2001). Obtención del grado con la tesis “Criticalidad autoorganizada en sistemas ecológicos”, dirigida por el Dr. Pedro Miramontes Vidal. 
Trayectorias ontogenéticas en la defensa de las plantas

Experiencia profesonal

Investigadora Titular “A” de Tiempo Completo. Laboratorio Nacional de Ciencias de la Sostenibilidad. Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México (2012 - actualidad)

Premios y Distinciones

Premio Jorge Lomnitz 2015 otorgado por la Academia Mexicana de Ciencias y el Instituto de Física de la UNAM a investigadores destacados en el área de Sistemas Complejos

Miembro del Sistema Nacional de Investigadores – Nivel 3 (ingreso en 2014) 

Programa de Primas al Desempeño del Personal Académico de Tiempo Completo (PRIDE) – Nivel C (ingreso en 2014) 

GENESYS young scientist travel award. Otorgado por la organización GENESYS en el marco del International Conference on Systems Biology, Edimburgo, 2010. 

Mención Honorífica en el Posgrado de Ciencias Biomédicas de la Universidad Nacional Autónoma de México, 2010. 

Mención Honorífica en el Programa de Maestría en Dinámica no Lineal y Sistemas Complejos, de la Universidad Autónoma de la Ciudad de México, 2007. 

Miembro del Consejo Directivo del C3, Centro de Ciencias de la Complejidad, desde el 3 mayo 2013

Responsable del proyecto PAPIIT-DGAPA-UNAM (IN207819) “Estudio teórico y práctico de la relación agricultura-biodiversidad en el contexto de la matriz agroecológica” (2019 - 2021)

Participante en el proyecto “Sharing learning to implement an open and collaborative seed innovation system” GCSO (2019-2020). Responsable: Ana E. Escalante

Participante del proyecto “Genetic structure and mechanisms of drought adaptation in Capsicum” AFRI-USDA (2018 -2020). Responsables: Kristin Mercer y Lev Jardón.

Actividades transdisciplinarias

Martínez Esponda, F. X., Benítez, M., Ramos Pedrueza Ceballos, X., García Maning, G., Bracamontes Nájera, L., Vázquez Quesada, B. (2019). Hoja de Ruta para la construcción del estado pluricultural en México. Elaborado y coordinado por el Centro Mexicano de Derecho Ambiental (CEMDA A.C.) y financiado por la Swift Foundation. Disponible en línea en https://www.cemda.org.mx/wp-content/uploads/2019/06/Hoja_de_ruta-1.pdf

 

A partir de articular el trabajo documental y las memorias de diálogos pluriculturales, esta hoja de ruta delinea ámbitos de acción prioritaria, recomendaciones y posibles vías de acción en los siguientes temas: Pueblos indígenas y comunidades equiparables como sujetos de derecho, respeto, protección y fomento del control cultural del territorio, políticas públicas bioculturalmente pertinentes, políticas públicas para la recreación de la diversidad biocultural y el manejo de los sistemas agroalimentarios.

 

Martínez Esponda, F. X, Benítez, M., Ramos Pedrueza Ceballos, X., García Maning, G., Bracamontes Nájera, L., Vázquez Quesada, B. (2018). Memorias de los Diálogos sobre instituciones, derechos y patrimonios bioculturales. Elaborado y coordinado por el Centro Mexicano de Derecho Ambiental (CEMDA A.C.) y financiado por la Swift Foundation. Disponible en línea en https://www.cemda.org.mx/wp-content/uploads/2019/01/MemoriasDialogos.pdf

 

 

Este documento sistematiza los resultados de talleres realizados en comunidades indígenas y campesinas de Puebla y Veracruz. Es parte de un esfuerzo para integrar visiones de diversos sectores respecto a la política pública en materia agrícola y destaca los aspectos que las comunidades con las que trabajamos identifican como fundamentales para una política pública adecuada.

 

Martínez Esponda, F. X., Benítez, M., Ramos Pedrueza Ceballos, X., García Maning, G., Bracamontes Nájera, L., Vázquez Quesada, B. (2017). Informe diagnóstico Derechos humanos y patrimonio biocultural: El sistema milpa como cimiento de una política de Estado cultural y ambientalmente sustentable. Coordinado y elaborado por el Centro Mexicano de Derecho Ambiental (CEMDA A.C.) y financiado por la Swift Foundation. Disponible en línea en https://www.cemda.org.mx/wp-content/uploads/2018/05/Informe-Milpa_4.pdf

 

 

Este informe contribuye a delinear políticas públicas en materia agrícola pertinentes para México. Ha sido presentado ante diversas autoridades en materia agrícola y ha servido como un insumo para litigios en materia socioambiental, en particular para la demanda de amparo que campesinos y campesinas de diferentes municipios del estado de Tlaxcala interpusieron por las omisiones respecto de la Ley de Fomento y Protección del Maíz. Fue insumo también para la preparación del Informe Alternativo DESCA, el cual fue sometido en marzo del 2018 al Comité de Derechos Económicos, Sociales y Culturales (Comité DESC) de la ONU en Ginebra (Liga al Resumen Ejecutivo: http://bit.ly/ResumenEjec_DESCA).

 

 

Diseño y participación en la ejecución de diez talleres participativos con productores agrícolas, organizaciones de la sociedad civil y técnicos del sector público en el marco del proyecto proyecto CONACyT en su convocatoria de Problemas Nacionales “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales”. A partir de los primeros talleres se generaron materiales de divulgación sobre la percepción de la calidad del suelo y su conservación, mismos que han sido trabajados en talleres de seguimiento con los productores involucrados en el proyecto. Estos materiales se consideran objetos de frontera que dan cuenta de la naturaleza transdisciplinaria del proyecto mencionado y son los siguientes:

 

“Percepción multisectorial de la calidad de nuestros suelos”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, A. Escalante, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2019.

 

“Entendiendo y trabajando juntos nuestros suelos. Huertas de aguacate en Veracruz”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2017.

 

 

Entendiendo y trabajando juntos nuestros suelos. Huertas de café en Veracruz”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2017.

 

“Entendiendo y trabajando juntos nuestros suelos. Parcelas de maíz y frijol en Guarapo”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2017.

 

 

“Entendiendo y trabajando juntos nuestros suelos. Parcelas de maíz y frijol en La Quemada”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2017.

 

“Manual para hacer composta”. Arroyo D., Benítez M, Mejía J, Peña K, Peña V, Piña V, Reverchon F, Rosell J, Uscanga A, Vázquez V, Wegier A, Ysimoto D. Proyecto CONACyT “Biodiversidad y ecología funcional de suelos: conservación y resiliencia en sistemas naturales, agroecológicos y agroforestales” 2017.

 

 

 

 

 

 

 

 

   

 

Martínez Esponda, F. X., Benítez, M., Ramos Pedrueza Ceballos, X., García Maning, G., Bracamontes Nájera, L., Vázquez Quesada, B. (2016). Informe sobre la pertinencia biocultural de la legislación mexicana y su política pública para el campo: El caso del programa de “Modernización Sustentable de la Agricultura Tradicional” (MasAgro). Coordinado por el Centro Mexicano de Derecho Ambiental (CEMDA A.C.) y financiado por la Swift Foundation. Disponible en línea en https://www.cemda.org.mx/wp-content/uploads/2016/12/InformeMasAgro.pdf

 

 

 

Este informe ha sido presentado a autoridades en materia agrícola y de relaciones exteriores en el contexto de la renegociación del TLCAN y ha sido referido por opiniones expertas en derecho ambiental en este mismo contexto (e.g. El Universal, Gustavo Alanis Ortega; La Jornada, Antonio Turrent).

 

Encuentro de trabajo e intercambio en Agroecología que se llevó a cabo del 9 al 12 de abril del 2015 en Zaachila, Puebla. Participanes: 270 (campesinos, miembros de OSC y académicos). Productos: Relatoría literal, relatoría interpretativa, acuerdos de trabajo multisectorial, fotodocumentación y sitio web (http://marianabk1.wix.com/agroecolzaachila)

 

 

 

A partir de este encuentro se diseñó una estrategia de trabajo con la metodología campesino a campesino para el impulso de la agroecología en la Villa de Zaachila. Esta estrategia a guiado la realización de talleres, pláticas, proyectos de tesis, etc., desde el 2015 a la fecha.


Martínez Esponda, F. X., Benítez, M. (2014). Informe sobre Destrucción del patrimonio biocultural de México por megaproyectos y ausencia de legislación y política pública culturalmente adecuada para los pueblos indígenas y comunidades equiparables. Coordinado por F. X. Martínez Esponda.

 

 

Tema de la audiencia temática que se llevó a cabo en el 153° periodo de sesiones la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, Washington D.C. EEUU. Productos: Informe y material audiovisual. Coordinado por Xavier Martínez Esponda del CEMDA. A.C.

Video de la audiencia pública: https://www.youtube.com/watch?time_continue=1&v=rSyQwi8RnmA

 

Informe técnico sobre indicadores y métodos de evaluación de efectos del manejo en la biodiversidad de siete distintos sistemas productivos en México (2015). Colaboración con la Coordinación de Recursos Genéticos y Biológicos en el proyecto Sistemas Productivos Sostenibles y Biodiversidad ejecutado por la CONABIO.

Asesoría técnica a Greenpeace A.C. C. González-González, M. Benítez. Informe: Prospectiva de la Milpa Agroecológica. 2014.

 

Articulos publicados 

2021 - Bracamontes Nájera, L., Benítez, M. Transformar para resistir: Resiliencia de redes alimentarias alternativas ante la emergencia de COVID-19 en la Ciudad de México. Acta Sociológica, 83: 37-65. 

2021 - Abbruzzini, T.F., Avitia, M., Carrasco-Espinosa, K., Peña, V., Barrón-Sandoval, A., Salazar Ca-brera, U.I., Cruz-Ortega, R., Benítez, M., Escalante, A.E., Rosell, J.A.; Wegier A. y Campo J. Precipitation Controls on Soil Biogeochemical and Microbial Community Composition in Rainfed Agricultural Systems in Tropical Drylands. Sustainability 13 (21). 

2021 - González - González, C., Mora Van Cauwelaert, E., Boyer, D., Perfecto, I., Vandermeer, J., Benítez, M*. High-order interactions maintain or enhance structural robustness of a coffee agroecosystem network. Ecological Complexity 47: 100951.

2021 - Ramos, K.C., Rodríguez Sánchez, E., Arias del Ángel, J., Arzola, A., Benítez, M., Escalante, A.E., Franci, A., Volpe, G., Rivera-Yoshida, N. The environment topography alters the way to multicellularity in Myxococcus xanthus. Science Advances 7:35. 

2021 - Avitia, M., Barrón-Sandoval, A., Hernández-Terán, A., Benítez, M., Barron-Gafford, G.A., Dontsova, K., Pavao-Zuckerman, M.A., Escalante, A.E. Soil microbial composition and carbon mineralization are associated with vegetation type and temperature regimen in mesocosms of a semiarid ecosystem. FEMS Microbiology Letters, 368 (4): 1-10.

2021 - Arroyo-Lambaer, D., Uscanga-Castillo, A.,  Piña-Tejeda, V.M., Vázquez-Barrios, V., Reverchon, F., Rosell, J.A., Escalante, A. E., Peña-Ramírez, V.M, Benítez, M., Wegier, A. Cognitive maps across multiple social sectors: shared and unique perceptions on the quality of agricultural soils in Mexico, Frontiers in Sustainable Food Systems, 4:522661.

2020 - Arias del Angel, J.A., Nanjundiah, V., Benítez, M*., Newmann, S.A. Interplay of mesoscale physics and agent-like behaviors in the parallel evolution of aggregative multicellularity. EvoDevo, 11:21.

2020 - González-González, C., Lara-García, T., Jardón-Barbolla, L., Benítez, M*. Linking coleopteran diversity with agricultural management of maize agroecosystems in Oaxaca, Mexico, Frontiers in Sustainable Food Systems.

2020 - García-Jacomé, L., Bonilla-Moheno, M., García-Frapolli, E., Rangel-Rivera, C. Benítez, M.*, Ramos-Fernández, G*. Multiple resource use strategies confer resilience to the socio-ecosystem in a protected area in the Yucatan Peninsula, Mexico, Frontiers in Sustainable Food Systems, 4:522657.

2020. Rivera-Núñez, T., Estrada, E., García-Barrios, L., Lazos, E., Gracia, A., Benítez, M., Rivera-Yoshida, N., García-Herrera, R. Peasant micro-power in an agri-food supply system of the Sierra Madre of Chiapas, Mexico. Journal of Rural Studies.

2020. Beaupré, A., Benítez, M., González-González, C., Mora, E., Ruíz, J., Castañeda, E.  Pertinence of exotic and local green manures for sustainable maize polyculture in Oaxaca, Mexico.  Renewable Agriculture and Food Systems.

2020. Guzmán, A., Arias del Ángel, J., Rivera-Yoshida, N., Benítez, M., Franci, A. The Systems Biology of Dynamical Patterning Modules: lessons from an aggregative bacterium. JEZ-B Molecular and Developmental Evolution (en prensa).

2020. Urrutia, A. L., González-González, C., Van Cauwelaert, E. M., Rosell, J. A., Barrios, L. G., Benítez, M*. Landscape heterogeneity of peasant-managed agricultural matrices. Agriculture, Ecosystems and Environment. 292:106797.

2019. Hernández-Hernández, V., Benítez, M., & Boudaoud, A. Interplay between turgor pressure and plasmodesmata during plant development. Journal of Experimental Botany. 71(3): 768-777.

2019 – Rivera-Yoshida, N., Hernandez-Terán, A., Escalante, A. E., Benítez, M*. Laboratory biases hinder Eco-Evo-Devo integration: hints from the microworld. JEZB Molecular and Developmental Evolution. 334:14-24.

2019 – Rivera-Yoshida N., Arzola V. A., Arias Del Angel J.A., Franci A., Travisano M., Escalante A.E.*, Benítez M*. Plastic multicellular development of Myxococcus xanthus: genotype-environment interactions in a physical gradient. Journal of the Royal Society Open Science. 6: 181730.

2019 – Hernández-Terán, A., Wegier, A., Benítez, M., Lira, R., Fuentes, T. G. S., & Escalante, A. E. In vitro performance in cotton plants with different genetic backgrounds: the case of Gossypium hirsutum in Mexico, and its implications for germplasm conservation. PeerJ, 7, e7017.

2018 – Niklas, K. J., Wayne, R., Benítez, M., Newman, S. A. Polarity, planes of cell division, and the evolution of plant multicellularity. Protoplasma, 256(3), 585-599.

2018 – Ramos, I., González, C. G., Urrutia, A. L., Van Cauwelaert, E. M., Benítez, M*. Combined effect of matrix quality and spatial heterogeneity on biodiversity decline. Aceptado para su publicación en Ecological Complexity.

2018 – Benítez, M*. Ecological evolutionary developmental biology in dialogue with Agroecology. Interdisciplina 6(14): 69-87

2018 – Rivera-Yoshida, N., Del Angel, J. A. A., Benítez, M*. Microbial multicellular development: mechanical forces in action. Current opinion in genetics & development, 51, 37-45.

2018 – Hernández-Hernández, V., Barrio A.R., Benítez, M., Nakayama, N., Romero-Arias, J.R., Villarreal, C. A physico-genetic module for the polarisation of auxin efflux carriers PIN-FORMED (PIN). Physical Biology 15(3): 036002.

2018 – Arias Del Angel J.A., A. E. Escalante, L. P. Martínez-Castilla, M. Benítez*. Cell-fate determination in Myxococcus xanthus development: network dynamics and novel predictions. Development, Growth and Differentiation 60(2): 121-129.

2018 – Benítez, M., Hernández-Hernández, V., Newman, S. A., Niklas, K. J. Dynamical Patterning Modules, Biogeneric Materials, and the Evolution of Multicellular Plants. Frontiers in Plant Science, 9.

2017 - Hernández-Terán A., Wegier A., Benítez M. , Lira R., Escalante A. E. Domesticated, transgenic plants and wild relatives exhibit unintended phenotypic differences: a comparative meta-analysis of rice, canola, maize, sunflower and pumpkin. Frontiers in Plant Science. doi: 10.3389/fpls.2017.02030

2017 – Martínez Esponda F. X., Benítez M., García Maning, G. Patrimonio biocultural, políticas públicas y derechos humanos: el caso del programa modernización sustentable de la agricultura tradicional. Méthodos - Revista Electrónica de Investigación Aplicada en Derechos Humanos de la CDHDF, 13.

2017 - Rebollar E., Sandoval-Castellanos E., Roessler K., Gaut B.S., Alcaraz L.D., Benítez M*, Escalante AE*. Seasonal changes in a maize-based polyculture of central Mexico reshape the co-occurrence networks of soil bacterial communities in soil. Frontiers in Microbiology.

2017 - Cuevas-Yáñez, K., Benítez, M., Rocha, M., Cordoba-Aguilar, A. (2017). Large-scale human environmental intervention is related to a richness reduction in Mexican odonates. Revista Mexicana de Biodiversidad, 88(3), 664-673.

2017 - González-González, C., C. Alonso-Fernández, E. Mora Van Cauwelaert, M. Betancourt de la Parra, Uscanga Castillo, A., M. Benítez*. Modos de producción agrícola y conservación de la biodiversidad en México. Biodiversitas, CONABIO 131. [Artículo de portada].

2017 - Romero-Arias JR, Hernández-Hernández V, Benítez M, Alvarez-Buylla ER, Barrio RA. Model of polar auxin transport coupled to mechanical forces retrieves robust morphogenesis along the Arabidopsis root. Physical Review E. 2017 Mar;95(3-1):032410. [Sugerencia del editor].

2017 - Arias Del Angel JA, Escalante AE, Martínez-Castilla LP, Benítez M*. An Evo-Devo Perspective on Multicellular Development of Myxobacteria. JEZ B: Molecular and Developmental Evolution. 2017 Jan;328(1-2):165-178.  

2016 - Marcellini S, González F, Sarrazin AF, Pabón-Mora N, Benítez M, Piñeyro-Nelson A, Rezende GL, Maldonado E, Schneider PN, Grizante MB, Da Fonseca RN, Vergara-Silva F, Suaza-Gaviria V, Zumajo-Cardona C, Zattara EE, Casasa S, Suárez-Baron H, Brown FD. Evolutionary Developmental Biology (Evo-Devo) Research in Latin America. JEZ B: Molecular and Developmental Evolution 2017 Jan;328(1-2):5-40.  [Artículo de portada].

2016 - C. González-González, R. López Martínez, S. Hernández López, M Benítez*. A dynamical model to study the effect of landscape agricultural management on the conservation of native ecological networks.  Agroecology and food sustainable systems 40:9 DOI:10.1080/21683565.2016.1209271.

2015 - Mora Van Cauwelaert E, Arias Del Angel JA, Benítez M*, Azpeitia EM. Development of cell differentiation in the transition to multicellularity: a dynamical modeling approach. Frontiers in Microbiology. 2015 Jun 23;6:603.

2015- Escalante AE, Rebolleda-Gómez M, Benítez M, Travisano M. Ecological perspectives on synthetic biology: insights from microbial population biology. Frontiers in Microbiology. 2015 Feb 26;6:143. doi: 10.3389/fmicb.2015.00143.

2014 – Hernádez-Hernández V, Rueda D, Caballero L, Alvarez-Buylla ER, Benítez M*. Mechanical forces as information: an integrated approach to plant and animal development. Frontiers in Plant Science.

2013 - Benítez M, Hejátko J. Dynamics of cell-fate determination and patterning in the vascular bundles of Arabidopsis thaliana. PLoS ONE 8(5):e63108.

2013 -  Å½Äárská M, Zatloukalová P, Šedo O, Benítez M, PotÄ›šil D, Novák O, Pešek B, Malbeck J, Vašíčková J, Miklánková E, Zdráhal Z, Hejátko J. Specificity of the Arabidopsis Shoot and Root Response to Cytokinins. Plant Physiology (doi: http:/​/​dx.doi.org/10.1104/pp.112.202853) .

2013 – Benítez M, Azpeitia E, Alvarez-Buylla ER. Dynamic models of epidermal patterning as an approach to plant eco-evo-devo. Curr Op Plant Biol (doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.pbi.2012.11.005)

2013. Azpeitia E, Weinstein N, Benítez M, Mendoza L, Alvarez-Buylla ER. Finding missing interactions of the Arabidopsis thaliana root stem cell niche gene regulatory network. Frontiers in Plant Science 4:11.

2013 – Benítez M*. An interdisciplinary view on dynamic models for plant genetics and morphogenesis: scope, examples and emerging research avenues. Frontiers Plant Science 4:7.

2012 – Hernández Hernández V, Niklas JK, Newman SA, Benítez M*. Dynamical patterning modules in plant development and evolution. International Journal of Developmental Biology 56: 661 – 674.

2012 - Caballero L., Benítez M, Alvarez-Buylla ER, Hernández S, Arzola VA, Cocho G. An epigenetic model for pigment patterning based on mechanical and cellular interactions.  JEZ Part B: Molecular and Developmental Evolution 318(3):209-23.

2011 - Arellano G, Argil J, Azpeitia E, Benítez M, Carrillo M, Góngora P, Rosenblueth DA, Alvarez-Buylla ER. "Antelope": a hybrid-logic model checker for branching-time Boolean GRN analysis. BMC Bioinformatics 12(1):490.

2011- Azpeitia E, Benítez M, Espinosa-Soto C, Alvarez-Buylla ER. Dynamic network-based epistasis analysis: Boolean examples. Frontiers in Plant Genetics and Genomics 2:92.

2011 - Alvarez-Buylla ER, Benítez M, Espinosa-Soto C. Mutually reinforcing patterning mechanisms. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6;12(8):533.

2011 – Benítez M, Monk N, Alvarez-Buylla ER. Epidermal patterning in Arabidopsis: models make a difference. JEZ Part B: Molecular and Developmental Evolution 316(4):241-53.  

2010 – Azpeitia E, Benítez M, Vega I, Villarreal C, Alvarez-Buylla ER. Single-cell and coupled GRN models of cell patterning in the Arabidopsis thaliana root stem-cell niche. BMC Systems Biology 4:134.

2010 – Alvarez-Buylla ER, Azpeitia E, Barrio R, Benítez M, Padilla-Longoria P. From ABC genes to regulatory networks, epigenetic landscapes and flower morphogenesis: making biological sense of theoretical approaches. Seminars in Cell and Developmental Biology 21:108-17.

2010 – Benítez, M. and Alvarez-Buylla ER. Dyamic-module redundancy confers robustness to the gene regulatory network involved in hair patterning of Arabidopsis epidermis. Biosystems 102:11-1.

2008 – E. R. Alvarez-Buylla, M. Benítez, A. Chaos, Y. Cortes-Poza, C. Espinosa-Soto, R.B. Lotto, D. Malkin, G.J. Escalera-Santos, P. Padilla Longoria. Floral Morphogenesis: Stochastic Explorations of a Gene Network Epigenetic Landscape. PloS ONE 3:e3626.  

2008 – M. Benítez, C. Espinosa-Soto, P. Padilla-Longoria, E. R. Alvarez-Buylla. Interlinked nonlinear subnetworks underlie the formation of robust cellular patterns in Arabidopsis epidermis: a dynamic spatial model. BMC Systems Biology, 2:98.

2007- M. Benítez, C. Espinosa-Soto, P. Padilla-Longoria, J. Díaz and E. R. Alvarez-Buylla. Equivalent genetic regulatory networks in different contexts recover contrasting spatial cell patterns that resemble those in Arabidopsis root and leaf epidermis: a dynamic model. International Journal of Developmental Biology 51: 139-155.

2007 – Alvarez-Buylla, E. R., Benítez, M., Espinosa-Soto, C. Phenotypic evolution is restrained by complex developmental processes. HFSP Journal. 1: 99-103.

2007 – E. R. Alvarez-Buylla, M. Benítez, E. Balleza Dávila, Á. Chaos, C. Espinosa-Soto and P. Padilla-Longoria. Gene regulatory network models for plant development. Current Opinion in Plant Biology, 10: 83–91.j

Tesis de doctorado

Juan Antonio Arias del Angel. 2019. “Procesos de diferenciación celular y de formación de patrones de tipos celulares durante el desarrollo multicelular de Myxococcus xanthus: una aproximación de modelos dinámicos”. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. 

Valeria Hernández Hernández. 2019. Co-directora con la Dra. Annamaria Kiss y el Dr. Arezki Boudaoud. "Interactions between turgor pressure and plasmodesmata permeability". École Normale Supérieure de Lyon, Francia. 

Lía Natsuko Rivera Yoshida. 2019. "Interacción de los aspectos genéticos y físicos en el desarrollo de agregados multicelulares de Myxococcus xanthus. Doctorado en Ciencias Biomédicas", Instituto de Ecología, UNAM.

 

Tesis de maestría 

Cristina Alonso Fernández. 2021. “Rasgos de domesticación en variedades de chile (C. annuum L.) asociados a condiciones ambientales y socioeconómicas en el estado de Oaxaca, México”. Maestría en Geografía. Co-tutoría con Lev Orlando Jardón Barbolla.

Irene Ramos Pérez. 2020. "La heterogeneidad espacial en regiones de México con distintas estrategias de conservación: tendencias en el tiempo y su relación con la conservación de la biodiversidad". Maestría en Ciencias de la Sostenibilidad, UNAM. 

Ana Laura Urrutia Cárdenas. 2019. “Caracterización de la heterogeneidad espacial en distintas escalas de un paisaje agrícola de Oaxaca”. Posgrado en Ciencias Biológicas, UNAM. 

Cecilia González-González. 2018. “Caracterización de la diversidad de coleópteros como indicadora de tipos de manejo agrícola contrastantes en la Villa de Zaachila, Oaxaca”. Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM.

Andrea Lizbeth Domínguez Román. 2017. “Plasticidad fenotípica en las determinación del tipo celular en las hojas de Arabidopsis thaliana”. Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM.

César Iván Ojeda Linares. 2017. “Evaluación de la variabilidad morfológica de las hojas de Arabidopsis thaliana como indicador de la plasticidad fenotípica de distintos ecotipos.” Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM.

Rafael López Martínez. 2017. “Modelado y evaluación de la resistencia del sistema agroecológico milpa”. Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM.

Valeria Hernández Hernández. 2015. Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM. “Interacción entre aspectos físicos y bioquímicos en la formación de patrones espacio-temporales en la raíz de Arabidopsis thaliana”.

 

Tesis de licenciatura

Edna Patricia Rodríguez Sánchez. 2020. Estudio de la dinámica de agregación de la mixobacteria Myxococcus xantgus en medios con partículas virtuales, mediante simulaciones computacionales. Biología, Facultad de Ciencias, UNAM.   

Luis Guillermo García Jacomé. 2020. Modelo dinámico para explorar el manejo del socio-ecosistema asociado al área natural protegida Otoch Ma’ax Yetel Kooh, Península de Yucatán, México. Biología, Facultad de Ciencias, UNAM. 

Blanca Estela Hernández Hernández. 2019. “Macroartrópodos edáficos como indicadores de la calidad de suelos asociados a cultivos de maíz y frijol en Guanajuato, México”. Biología, Facultad de Ciencias, UNAM. 

Yólotli Amelina Narváez Carreño. 2019. “Cromatografías en papel como indicador de características físicas, químicas y biológicas de suelos agrícolas”. Biología, Facultad de Ciencias, UNAM.

Víctor Manuel Piña. 2018. “Modelos mentales y la percepción de la calidad del suelo en distintos sectores de la sociedad”. Biología, Facultad de Ciencias, UNAM.

Cecilia González González. 2015. "Efecto del manejo agrícola en la conservación a nivel paisajístico" Licenciatura en Biología, UNAM.

Carlos Buen Abad Najar. 2015. Licenciatura en Biología, UNAM. “Modelo dinámico de la determinación del tipo celular en la raíz de Arabidopsis thaliana.”

Juan Antonio Arias Del Angel. 2014. Co-directora con la Dra. Ana E. Escalante de la tesis de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. “Un modelo dinamico booleano para la determinacion de tipos celulares durante el proceso de desarrollo de Myxococcus xanthus, organismo modelo para el estudio de la multicelularidad”.

Valeria Hernández Hernández. 2011. Directora del trabajo recepcional para la Licenciatura en Biología en la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Xochimilco. “Identificación de módulos dinámicos básicos en el desarrollo de plantas”

Rafael Verduzco Vázquez. 2009. Co-directora de tesis de Licenciatura en Ciencias, Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma del Estado de Morelos. “Modelación de la Red Regulatoria Genética de respuesta a infección para patógenos inducida por Etileno en Arabidopsis thaliana”.